应用数学学院始建于2005年1月，其前身是原长春税务学院基础部数学教研室。学校为事业发展需要，将基础部的数学教研室与中文教研室分离，分别成立为应用数学系与新闻系， 2009年应用数学系改名为应用数学学院。